cgeb2001's DokuWiki!

User Tools

Site Tools

Trace:
finding_genes_of_interest_with_panther_hmms

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Both sides previous revisionPrevious revision
Next revision		Previous revision
finding_genes_of_interest_with_panther_hmms [2026/03/16 14:21] – [Mitochondrial import] 172.20.54.200finding_genes_of_interest_with_panther_hmms [2026/03/16 14:41] (current) – [Mitochondrial import] 172.20.54.200
Line 646: Line 646:
  
 <code> <code>
-PROTEIN_IMPORT_AND_FOLDING  IMPORT  Tom40                          PTHR10802.mag.mod    MITOCHONDRIAL_IMPORT_RECEPTOR_SUBUNIT_TOM40                               PTHR10802.orig.30.pir +TRANSLOCASE_OF_THE_OUTER_MEMBRANE  TOM  Tom40                          PTHR10802.mag.mod    MITOCHONDRIAL_IMPORT_RECEPTOR_SUBUNIT_TOM40                               PTHR10802.orig.30.pir 
-PROTEIN_IMPORT_AND_FOLDING  IMPORT  Tom40                          PTHR10802.SF2.mod    MITOCHONDRIAL_IMPORT_RECEPTOR_SUBUNIT_TOM40_HOMOLOG_1-RELATED             PTHR10802.SF2.pir +TRANSLOCASE_OF_THE_OUTER_MEMBRANE  TOM  Tom40                          PTHR10802.SF2.mod    MITOCHONDRIAL_IMPORT_RECEPTOR_SUBUNIT_TOM40_HOMOLOG_1-RELATED             PTHR10802.SF2.pir 
-PROTEIN_IMPORT_AND_FOLDING  IMPORT  Sam50                          PTHR12815.SF18.mod   SORTING_AND_ASSEMBLY_MACHINERY_COMPONENT_50_HOMOLOG                       PTHR12815.SF18.pir +SORTING_AND_ASSEMBLY_MACHINERY     SAM  Sam50                          PTHR12815.SF18.mod   SORTING_AND_ASSEMBLY_MACHINERY_COMPONENT_50_HOMOLOG                       PTHR12815.SF18.pir 
-PROTEIN_IMPORT_AND_FOLDING  IMPORT  Sam50                          PTHR12815.mag.mod    SORTING_AND_ASSEMBLY_MACHINERY_SAMM50_PROTEIN_FAMILY_MEMBER               PTHR12815.orig.30.pir +SORTING_AND_ASSEMBLY_MACHINERY     SAM  Sam50                          PTHR12815.mag.mod    SORTING_AND_ASSEMBLY_MACHINERY_SAMM50_PROTEIN_FAMILY_MEMBER               PTHR12815.orig.30.pir 
-PROTEIN_IMPORT_AND_FOLDING  IMPORT  Mia40                          PTHR21622.SF0.mod    AU015836_PROTEIN-RELATED                                                  PTHR21622.SF0.pir +MITOCHONDRIAL_IMPORT_AND_ASSEMBLY  MIA  Mia40                          PTHR21622.SF0.mod    AU015836_PROTEIN-RELATED                                                  PTHR21622.SF0.pir 
-PROTEIN_IMPORT_AND_FOLDING  IMPORT  Mia40                          PTHR21622.mag.mod    COILED-COIL-HELIX-COILED-COIL-HELIX_DOMAIN_CONTAINING_4                   PTHR21622.orig.30.pir +MITOCHONDRIAL_IMPORT_AND_ASSEMBLY  MIA  Mia40                          PTHR21622.mag.mod    COILED-COIL-HELIX-COILED-COIL-HELIX_DOMAIN_CONTAINING_4                   PTHR21622.orig.30.pir 
-PROTEIN_IMPORT_AND_FOLDING  IMPORT  Tim8/Tim13                     PTHR19338.mag.mod    TRANSLOCASE_OF_INNER_MITOCHONDRIAL_MEMBRANE_13_HOMOLOG                    PTHR19338.orig.30.pir +TRANSLOCASE_OF_THE_INNER_MEMBRANE  TIM  Tim8/Tim13                     PTHR19338.mag.mod    TRANSLOCASE_OF_INNER_MITOCHONDRIAL_MEMBRANE_13_HOMOLOG                    PTHR19338.orig.30.pir 
-PROTEIN_IMPORT_AND_FOLDING  IMPORT  Tim8/Tim13                     PTHR19338.SF1.mod    MITOCHONDRIAL_IMPORT_INNER_MEMBRANE_TRANSLOCASE_SUBUNIT_TIM8_A-B-RELATED  PTHR19338.SF1.pir +TRANSLOCASE_OF_THE_INNER_MEMBRANE  TIM  Tim8/Tim13                     PTHR19338.SF1.mod    MITOCHONDRIAL_IMPORT_INNER_MEMBRANE_TRANSLOCASE_SUBUNIT_TIM8_A-B-RELATED  PTHR19338.SF1.pir 
-PROTEIN_IMPORT_AND_FOLDING  IMPORT  Tim8/Tim13                     PTHR19338.SF4.mod    MITOCHONDRIAL_IMPORT_INNER_MEMBRANE_TRANSLOCASE_SUBUNIT                   PTHR19338.SF4.pir +TRANSLOCASE_OF_THE_INNER_MEMBRANE  TIM  Tim8/Tim13                     PTHR19338.SF4.mod    MITOCHONDRIAL_IMPORT_INNER_MEMBRANE_TRANSLOCASE_SUBUNIT                   PTHR19338.SF4.pir 
-PROTEIN_IMPORT_AND_FOLDING  IMPORT  Tim9                           PTHR13172.SF5.mod    MITOCHONDRIAL_IMPORT_INNER_MEMBRANE_TRANSLOCASE_SUBUNIT_TIM9              PTHR13172.SF5.pir +TRANSLOCASE_OF_THE_INNER_MEMBRANE  TIM  Tim9                           PTHR13172.SF5.mod    MITOCHONDRIAL_IMPORT_INNER_MEMBRANE_TRANSLOCASE_SUBUNIT_TIM9              PTHR13172.SF5.pir 
-PROTEIN_IMPORT_AND_FOLDING  IMPORT  Tim9                           PTHR13172.mag.mod    MITOCHONDRIAL_IMPORT_INNER_MEMBRANE_TRANSLOCASE_SUBUNIT_TIM9B             PTHR13172.orig.30.pir +TRANSLOCASE_OF_THE_INNER_MEMBRANE  TIM  Tim9                           PTHR13172.mag.mod    MITOCHONDRIAL_IMPORT_INNER_MEMBRANE_TRANSLOCASE_SUBUNIT_TIM9B             PTHR13172.orig.30.pir 
-PROTEIN_IMPORT_AND_FOLDING  IMPORT  Tim10                          PTHR11038.mag.mod    MITOCHONDRIAL_IMPORT_INNER_MEMBRANE_TRANSLOCASE_SUBUNIT_TIM10             PTHR11038.orig.30.pir +TRANSLOCASE_OF_THE_INNER_MEMBRANE  TIM  Tim10                          PTHR11038.mag.mod    MITOCHONDRIAL_IMPORT_INNER_MEMBRANE_TRANSLOCASE_SUBUNIT_TIM10             PTHR11038.orig.30.pir 
-PROTEIN_IMPORT_AND_FOLDING  IMPORT  Tim10                          PTHR11038.SF16.mod   MITOCHONDRIAL_IMPORT_INNER_MEMBRANE_TRANSLOCASE_SUBUNIT_TIM10             PTHR11038.SF16.pir +TRANSLOCASE_OF_THE_INNER_MEMBRANE  TIM  Tim10                          PTHR11038.SF16.mod   MITOCHONDRIAL_IMPORT_INNER_MEMBRANE_TRANSLOCASE_SUBUNIT_TIM10             PTHR11038.SF16.pir 
-PROTEIN_IMPORT_AND_FOLDING  IMPORT  Tim22                          PTHR14110.mag.mod    MITOCHONDRIAL_IMPORT_INNER_MEMBRANE_TRANSLOCASE_SUBUNIT_TIM22             PTHR14110.orig.30.pir +TRANSLOCASE_OF_THE_INNER_MEMBRANE  TIM  Tim22                          PTHR14110.mag.mod    MITOCHONDRIAL_IMPORT_INNER_MEMBRANE_TRANSLOCASE_SUBUNIT_TIM22             PTHR14110.orig.30.pir 
-PROTEIN_IMPORT_AND_FOLDING  IMPORT  Tim22                          PTHR14110.SF0.mod    MITOCHONDRIAL_IMPORT_INNER_MEMBRANE_TRANSLOCASE_SUBUNIT_TIM22             PTHR14110.SF0.pir +TRANSLOCASE_OF_THE_INNER_MEMBRANE  TIM  Tim22                          PTHR14110.SF0.mod    MITOCHONDRIAL_IMPORT_INNER_MEMBRANE_TRANSLOCASE_SUBUNIT_TIM22             PTHR14110.SF0.pir 
-PROTEIN_IMPORT_AND_FOLDING  IMPORT  Tim23                          PTHR15371.SF0.mod    MITOCHONDRIAL_IMPORT_INNER_MEMBRANE_TRANSLOCASE_SUBUNIT_TIM23             PTHR15371.SF0.pir +TRANSLOCASE_OF_THE_INNER_MEMBRANE  TIM  Tim23                          PTHR15371.SF0.mod    MITOCHONDRIAL_IMPORT_INNER_MEMBRANE_TRANSLOCASE_SUBUNIT_TIM23             PTHR15371.SF0.pir 
-PROTEIN_IMPORT_AND_FOLDING  IMPORT  Tim23                          PTHR15371.mag.mod    TIM23                                                                     PTHR15371.orig.30.pir+TRANSLOCASE_OF_THE_INNER_MEMBRANE  TIM  Tim23                          PTHR15371.mag.mod    TIM23                                                                     PTHR15371.orig.30.pir
 PROTEIN_IMPORT_AND_FOLDING  IMPORT  Pam18/Tim14                    PTHR12763.mag.mod    UNCHARACTERIZED                                                           PTHR12763.orig.30.pir PROTEIN_IMPORT_AND_FOLDING  IMPORT  Pam18/Tim14                    PTHR12763.mag.mod    UNCHARACTERIZED                                                           PTHR12763.orig.30.pir
 PROTEIN_IMPORT_AND_FOLDING  IMPORT  Pam18/Tim14                    PTHR12763.SF28.mod   GEO10507P1-RELATED                                                        PTHR12763.SF28.pir PROTEIN_IMPORT_AND_FOLDING  IMPORT  Pam18/Tim14                    PTHR12763.SF28.mod   GEO10507P1-RELATED                                                        PTHR12763.SF28.pir
Line 720: Line 720:
 PROTEIN_IMPORT_AND_FOLDING  IMPORT  Imp2                           PTHR46041.SF3.mod    MITOCHONDRIAL INNER MEMBRANE PROTEASE SUBUNIT 2                           PTHR46041.SF3.pir PROTEIN_IMPORT_AND_FOLDING  IMPORT  Imp2                           PTHR46041.SF3.mod    MITOCHONDRIAL INNER MEMBRANE PROTEASE SUBUNIT 2                           PTHR46041.SF3.pir
 PROTEIN_IMPORT_AND_FOLDING  IMPORT  Imp2                           PTHR46041.SF4.mod    MITOCHONDRIAL INNER MEMBRANE PROTEASE SUBUNIT 2                           PTHR46041.SF4.pir PROTEIN_IMPORT_AND_FOLDING  IMPORT  Imp2                           PTHR46041.SF4.mod    MITOCHONDRIAL INNER MEMBRANE PROTEASE SUBUNIT 2                           PTHR46041.SF4.pir
 +PROTEIN_IMPORT_AND_FOLDING  IMPORT  Oxa1                           PTHR12428.mag.mod       OXA1                                                                   PTHR12428.orig.30.pir
 +PROTEIN_IMPORT_AND_FOLDING  IMPORT  Oxa1                           PTHR12428.SF66.mod      MITOCHONDRIAL INNER MEMBRANE PROTEIN OXA1L                             PTHR12428.SF66.pir
 +PROTEIN_IMPORT_AND_FOLDING  IMPORT  Oxa1                           PTHR12428.SF60.mod      MITOCHONDRIAL INNER MEMBRANE PROTEIN OXA1-LIKE                         PTHR12428.SF60.pir 
 +PROTEIN_IMPORT_AND_FOLDING  IMPORT  Oxa1                           PTHR12428.SF63.mod      MITOCHONDRIAL INNER MEMBRANE PROTEIN OXA1-2                            PTHR12428.SF63.pir   
 +PROTEIN_IMPORT_AND_FOLDING  IMPORT  Oxa1                           PTHR12428.SF34.mod      MITOCHONDRIAL INNER MEMBRANE PROTEIN OXA1                              PTHR12428.SF34.pir  
 +PROTEIN_IMPORT_AND_FOLDING  IMPORT  Oxa1                           PTHR12428.SF49.mod      OXAA/YIDC-LIKE MEMBRANE INSERTION PROTEIN                              PTHR12428.SF49.pir
 +PROTEIN_IMPORT_AND_FOLDING  IMPORT  Oxa1                           PTHR12428.SF64.mod      MITOCHONDRIAL INNER MEMBRANE PROTEIN OXA1-LIKE                         PTHR12428.SF64.pir
 +
 +PROTEIN_IMPORT_AND_FOLDING  IMPORT  Mdm10                          PTHR28035.mag.mod       MITOCHONDRIAL DISTRIBUTION AND MORPHOLOGY PROTEIN 10                   PTHR28035.orig.30.pir
 +PROTEIN_IMPORT_AND_FOLDING  IMPORT  Mdm10                          PTHR28035.SF1.mod       MITOCHONDRIAL DISTRIBUTION AND MORPHOLOGY PROTEIN 10                   PTHR28035.SF1.pir
 +
 +
 </code> </code>
  
finding_genes_of_interest_with_panther_hmms.1773681706.txt.gz · Last modified: by 172.20.54.200